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'R&D 세제지원' 기업규모별차등· 환급제도없는나라 '韓·日'뿐
韓기업규모별공제율격차가장커…대기업공제율최하수준 상의 "차등적지원방식철폐하고직접환급제도도입필요"
OECD 회원국 중 한국과 일본만이 대기업과 중소기업 간 R&D 세제 지원에 큰 차등을 두면서도 직접 환급제도를 운영하지 않는 것으로 조사됐다. 대한상공회의소가 OECD INNOTAX 포털에 등재된 33개국의 제도를 비교한 결과, 대·중소기업 간 공제율에 차등을 두는 국가는 6개국뿐이었으며, 그중 한국의 격차가 가장 컸다. 국내 일반 R&D 세액공제율은 대기업 2%, 중소기업 25%로 23%포인트 차이가 났고, 신성장·원천기술이나 국가전략기술의 경우에도 10%포인트 차이가 있었다. 반면 일본은 최대 11%포인트 수준에 그쳤고, 일부 구간에서는 대기업이 더 높은 공제율을 적용받기도 했다.
또한 우리나라는 대기업 R&D 비용 공제율이 OECD 국가 중 최하 수준으로, 이탈리아·헝가리(10%)보다 낮았다. 포르투갈은 32.5%에 달한다. OECD 33개국 중 22개국은 세액공제를 현금으로 직접 환급해주는 제도를 운영하지만, 한국과 일본은 제외돼 있다. 대한상의는 “기업이 성장할수록 세제 혜택이 줄어드는 계단식 구조는 혁신을 저해한다”며, 대·중소기업 간 차등을 없애고 직접 환급제 도입 등 실효성 있는 제도 개선이 필요하다고 강조했다.
내년부터 기술사업화나 창업을 목적으로 하는 국가 연구개발(R&D) 과제는 연구자의 과제 수행 제한(‘3책5공’) 적용 대상에서 제외된다. 과학기술정보통신부는 22일 열린 국가과학기술자문회의 운영위원회에서 이 같은 안을 확정했다.
현행 제도는 한 연구자가 책임연구자로 3개, 참여연구자로 5개까지 과제 수행을 제한하지만, 기술사업화와 창업 연계 과제는 다양한 기관·기업 협력이 필요해 규제 완화 요구가 꾸준히 제기돼 왔다. 이에 과기정통부는 기술이전, 투자유치, 시제품 제작 등 실용화 목적의 과제를 예외로 인정하기로 했다. 이번 조치로 연구실의 기술이 신속히 시장으로 확산되고, 창업·상용화 속도가 한층 빨라질 것으로 기대된다.
최근 5년간 중소기업이 정부의 연구개발(R&D) 지원금을 받은 뒤 폐업·파산 등으로 국고에 반환하지 못한 금액이 270억 원을 넘은 것으로 나타났다. 국회 산업통상자원중소벤처기업위원회 소속 이철규 의원이 중소벤처기업부와 중소기업기술정보진흥원(기정원) 자료를 분석한 결과, 2019~2025년 9월까지 총 689개 사업에 1711억 원이 지원됐지만, 이 중 정산금 282억 원 중 8억 원만 회수돼 회수율은 2.8%에 불과했다.
미납 사유의 90%가 휴·폐업, 파산, 경영악화 등으로 조사됐다.5년간 미납 건수는 689건 중 366건이 휴폐업·파산·청산, 255건이 경영악화 때문이었다. 기정원은 법에 따라 5년 내 징수가 어렵다고 판단되면 채무를 면제할 수 있어, 수백억 원의 미납금이 사실상 사라질 가능성도 있다. 이철규 의원은 “유망 중소기업 지원은 필요하지만, 연구비 정산 관리와 사후 모니터링을 강화해 매몰비용을 최소화해야 한다”고 지적했다.
